Criado em Julho de 1913, pela lei n.º 12, materializou uma antiga aspiração das elites republicanas e pedagógicas, que consideravam a aposta na educação um elemento central no esforço de desenvolvimento nacional. Ficou organizado em seis repartições (Instrução Primária e Normal, Instrução Secundária, Instrução Universitária, Instrução Industrial e Comercial, Instrução Agrícola e Instrução Artística), numa secretaria geral e num Conselho de Instrução Pública, estrutura que se desenvolveria e complexificaria progressivamente durante o regime republicano (1915, 1917, 1919, 1929).