Surgiu do desbodramento do Ministério da Marinha e Colónias, em Agosto 1911, em dois Ministérios autónomos: o da Marinha e o das Colónias, mas, pela inexistência de regulamentação própria, continuou a reger-se pela legislação anterior durante algum tempo. Em 1918, sob a denominação de Secretaria de Estado das Colónias, seria reestruturado e ficaria organizado da seguinte forma: - Repartição do Gabinete do Ministro; - Direcção Geral de Administração Civil; - Direcção Geral do Fomento; - Direcção Geral Militar; - Direcção Geral de Finanças; - Biblioteca e Arquivo Histórico. Dois anos depois, sofreria nova reorganização que privilegiaria a distribuição por áreas geográficas. O Ministério ficaria então organizado em quatro direcções gerais: a dos Serviços Centrais, a das Colónias do Ocidente, a das Colónias do Oriente, e a Militar.